در آن زمان سایه منحوس رژیم پهلوی بر کشور مستولی بود و تحصیل در حوزههای علمیه بسیار دشوار مینمود. با این حال آیةالله مشکینی دروس دوره سطح را به خوبی به پایان برد و در درس خارج فقه و اصول استادان مشهور دورة خود حاضر شد. او نزدیک به هفت ماه نیز در نجف اشرف حضور داشت و در درسهای خارج استادان آن دیار، بویژه امام خمینی(ره)، شرکت مینمود اما به دلیل هوای گرم نجف و ضعف مزاجی مجبور به بازگشت به ایران شد.
او در سالهای تحصیل و پس از آن با فضلا و استادان بسیار رابطه دوستی داشت که از آن جمله میتوان آیةالله جوادی آملی و آیةالله امینی را نام برد.
از فعالیتهای مهم وی در این عرصه، تأسیس مؤسسه الهادی است که به چاپ کتب مفید و اسلامی برای سطوح گوناگون جامعه میپردازد و مردم را با حقایق و معارف اسلامی آشنا میسازد. معظمله خود نیز کتابهای فراوانی در زمینههای گوناگون علوم اسلامی تألیف و منتشر ساخته است.برخی از آنها به شرح زیر است:
1ـ اصطلاح الاصول
2ـ مصطلحات الفقه
3ـ الفقه الماثور (دوره فقه به طرزی نوین)
4ـ دروس فی الاخلاق (یک دوره اخلاق عربی)
5ـازدواج در اسلام
6ـ المنافع العامه (شرح کتاب احیاالموات شرایع)
7ـ مفتاح الجنان (کتاب دعا تکمیل مصباح المنیر)
8ـ المواعظ العددیه
9ـ واجب و حرام احکام الزامی (دوره فقه)
10ـ قصار الجمل (احادیث کوتاه تحت عناوین لغوی دو جلد)
11ـ ترجمه قرآن کریم به زبان فارسی
12ـ الهدی الی موضوعات نهج البلاغه
13ـ المبسوط (تفسیر سوره آل عمران)
14ـ واجبات و محرمات (استقصاء آنچه در شرع واجب و حرام اعتقادی و عملی است)
15ـ تفسیر سوره (ص)
16ـ بحث تکامل از نظر قرآن
17ـ مسلکنا فی العقائد و الاخلاق و العمل
18ـ زمین و آنچه در آن است
19ـ تقلید چیست؟
20ـ رساله خمس
21ـ حاشیه توضیحی بر کتاب مضاربه، عروةالوثقی
22ـ نهج البلاغه موضوعی
23ـ تحریرالمواعظ
24ـ تحریرالمعالم
25ـ الرسائل الجدیده
26ـ تلخیص المکاسب (در دست چاپ)
27ـ تفسیر روان برای نسل جوان (در دست چاپ)
28ـ ترجمه و شرح فارسی سه کتاب مضاربه، مزارعه و شرکت در عروة الوثقی (در دست چاپ)
همچنین از وی مقالات بسیاری در نشریات نورعلم، پاسدار اسلام و... و نیز در روزنامه جمهوری اسلامی و... به چاپ رسیده است.
فعالیتهای سیاسی
زندگی آیةالله مشکینی سرشار از مبارزات و تلاشهای سیاسی برای احقاق حکومت اسلامی است. او از نخستین افرادی بود که به نهضت امام خمینی(ره) پیوست. او در جلسات مخفی مبارزان شرکت میکرد از این رو حدود چهار ماه در تهران متواری شده بود و سپس ایران را به مقصد عراق ترک کرد. با بازگشت به قم در همان روز اول دستگیر شد و ساواک از او خواسته بود تا 48 ساعت بعد از قم خارج شود. از این رو به مشهد رفت و 15 ماه در آنجا مشغول تدریس شد و بار دیگر به حوزه علمیه قم آمدو مبارزات را پی گرفت؛ اما پس از مدتی به همراه 27 نفر از استادان و فضلای حوزه تبعید شد. از این رو به زادگاه خود رفت ولی پس از سه ماه ساواک او را دستگیر و به ماهان کرمان و گلپایگان تبعید کرد. او پس از دو سال نیز به کاشمر تبعید شد. او در طول دورة تبعید نیز دست از مبارزه برنمیداشت؛ این گونه بود که ساواک او را به مکان دیگری منتقل میکرد. او از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بود و زیر بسیاری از اعلامیههای آن را امضاء کرده است. با پیروزی انقلاب اسلامی ایران، آیةالله مشکینی در مسؤولیتهای گوناگونی به ایفای نقش پرداخت که برخی از آنها به شرح زیر است:
ـ عضویت در خبرگان تدوین قانون اساسی؛
ـ مسئول گزینش و اعزام قضات با حکم امام (ره)؛
ـ ریاست مجلس خبرگان رهبری در هر سه دوره؛
ـ امامت جمعه قم با حکم امام(ره) و رهبر انقلاب؛
ـ عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم؛
ـ ریاست شورای بازنگری قانون اساسی